A caçadora de recompensas intergaláctica Samus Aran recebe um sinal de socorro de uma fragata naufragada em órbita ao redor do planeta Tallon IV. Após investigação, revela-se que a fragata é uma nave de pesquisa Pirata Espacial que hospeda terríveis experimentos genéticos usando a misteriosa substância Phazon. Lá, Samus encontra seu inimigo, Meta Ridley, a quem ela persegue até a superfície de Tallon IV. Cabe somente a ela explorar as regiões interconectadas do planeta, investigar seus segredos obscuros e pôr fim à ameaça intergaláctica que Phazon representa.
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